1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

ćwiczenie

Odstranění blacklistovaných oblastí

Identifikace a odstranění vrcholů (peaks) v blacklistovaných oblastech je důležitým krokem při přípravě dat pro další analýzu. V tomto cvičení použijeme blacklist zahrnutý v balíčku ChIPQC, který je dostupný také přímo z ENCODE.

Pro účely tohoto cvičení jsou volání vrcholů k dispozici v proměnné peaks, data pokrytí v proměnné cover a blacklistované oblasti v proměnné blacklist.hg19. Hodně ti pomůže funkce findOverlaps(). S konceptem překrývajících se oblastí ses setkal/a v úvodním kurzu Bioconductor – a v této kapitole se k němu ještě vrátíme.

Načtení všech potřebných dat a R balíčků může chvíli trvat. Počkej prosím.

Instrukcje

100 XP
  • Najdi všechny překryvy mezi vrcholy (peaks) a blacklistovanými oblastmi.
  • Pomocí Gviz vykresli pokrytí čtení, volání vrcholů a blacklistované oblasti.
  • Odstraň všechny blacklistované vrcholy.