1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Přiřazení píků k genům

Už se pomalu blížíš k prozkoumání vztahu mezi píky, geny a jejich funkcí. Nejdříve se ale podívejme blíže na to, jak poloha píků souvisí s geny. Balíček chipenrich nabízí pro tento účel užitečné vykreslovací funkce. Objekt peaks obsahuje souřadnice píků, se kterými jsi pracoval/a dříve. Funkce plot_dist_to_tss() vytvoří graf rozložení vzdáleností mezi polohami píků a místem zahájení transkripce (TSS) genů.

Funkce plot_chipenrich_spline() ti umožní posoudit frekvenci píků v závislosti na délce genů. Kromě pozorovaných frekvencí zobrazuje také očekávané rozložení pro Fisherův exaktní test, binomický model a model používaný funkcí chipenrich().

Pokyny 1/2

undefined XP
    1
    2
  • Vytvoř graf rozložení vzdáleností mezi píky a místy zahájení transkripce.