1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Peak calls

Sekvence jsou rozmístěny po celém genomu, ale místa vázaná proteinem zájmu přitahují velké množství překrývajících se čtení, což vytváří peaky v pokrytí. Tyto peaky se obvykle zaznamenávají spolu s jejich genomovými souřadnicemi a skóre, které udává sílu pozorovaného signálu.

Do R byl načten sada peak calls. Jsou uloženy v objektu GenomicRanges s názvem peaks. Kromě standardních funkcí pro přístup k obsahu objektů GenomicRanges jsou pro peak calls dostupné dvě pomocné funkce. Pomocí funkce chrom získáš chromosom, na kterém se daný peak nachází, a pomocí funkce score jeho skóre.

Pokyny

100 XP
  • Vypiš souhrn objektu peaks.
  • Pomocí funkce score() najdi index peaku s nejvyšším skóre.
  • Extrahuj genomové souřadnice peaku s nejvyšším skóre pomocí funkcí chrom() a ranges().