Peak calls
Sekvence jsou rozmístěny po celém genomu, ale místa vázaná proteinem zájmu přitahují velké množství překrývajících se čtení, což vytváří peaky v pokrytí. Tyto peaky se obvykle zaznamenávají spolu s jejich genomovými souřadnicemi a skóre, které udává sílu pozorovaného signálu.
Do R byl načten sada peak calls. Jsou uloženy v objektu GenomicRanges s názvem peaks. Kromě standardních funkcí pro přístup k obsahu objektů GenomicRanges jsou pro peak calls dostupné dvě pomocné funkce. Pomocí funkce chrom získáš chromosom, na kterém se daný peak nachází, a pomocí funkce score jeho skóre.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Vypiš souhrn objektu
peaks. - Pomocí funkce
score()najdi index peaku s nejvyšším skóre. - Extrahuj genomové souřadnice peaku s nejvyšším skóre pomocí funkcí
chrom()aranges().
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___