1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Data ze sekvenování

Základní jednotkou ChIP-seq datasetu je sekvenační čtení (read). Kompletní dataset obvykle obsahuje několik milionů čtení uložených v souborech BAM. V tomto cvičení se podíváme na to, jak jsou čtení reprezentována v R – použijeme čtení z malé oblasti na chromozomu 20.

Čtení jsou již načtena do R. Jsou uložena v objektu GAlignments s názvem reads. Objekt GAlignments úzce souvisí s GenomicRanges, se kterým ses možná setkal/a v úvodních kurzech Bioconductoru. Je to skvělá příležitost, jak si připomenout práci s tímto typem objektu.

Měj na paměti, že Bioconductor nabízí přístupové funkce (accessor functions), které usnadňují extrakci dat. Například start() vrátí počáteční souřadnice všech čtení.

Pokyny

100 XP
  • Vypiš objekt reads, abys získal/a přehled o datech.
  • Zjisti počáteční pozici prvního čtení.
  • Zjisti koncovou pozici posledního čtení.
  • Urči počet čtení pokrývajících každou pozici ve vybrané oblasti, tedy vypočítej pokrytí (coverage) pomocí funkce stejného názvu.