1. 학습
    2. /
  2. 강의
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

연습 문제

Které píky se liší?

Podívejme se, jak moc se vzorky liší z hlediska identifikovaných píků. Při pohledu na sloučené píky, se kterými jsi pracoval/a dříve, kolik píků je sdílených mezi různými vzorky?

Jedním z grafů, které dokážou tuto otázku zodpovědět, je Vennův diagram. Vytvořit ho lze přímo z objektu DBA pomocí funkce dba.plotVenn(). Alternativou je UpSet plot, který vytvoříš pomocí balíčku UpSetR. Ten nahrazuje elipsy Vennova diagramu sadou sloupcových grafů znázorňujících velikost různých podmnožin. Funkce upset() vyžaduje datový rámec s jedním sloupcem pro každou sadu – tedy každý vzorek – který udává příslušnost každého píku do dané sady. Potřebná data jsou uložena v poli called objektu ar_diff.

지침 1/2

undefined XP
    1
    2
  • Vytvoř Vennův diagram z objektu ar_diff.