Filtrování čtení
V tomto cvičení data dále vyčistíme – odstraníme čtení s nízkou kvalitou zarovnání. Aby to bylo možné, musíš nejprve načíst informace o kvalitě zarovnání z BAM souboru. Ty jsou uloženy v poli mapq.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Načti
readsspolu s informacemi o kvalitě zarovnání přiřazenými ke každému čtení. - Identifikuj všechna zarovnání s kvalitou alespoň 20.
- Vytvoř krabicový graf (boxplot) porovnávající distribuci kvality zarovnání mezi skupinou s vysokou a nízkou kvalitou.
- Odstraň všechna zarovnání s nízkou kvalitou.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load reads with mapping qualities by requesting the "mapq" entries
reads <- readGAlignments(bam_file, param=ScanBamParam(what=___))
# Identify good quality alignments
high_mapq <- mcols(reads)$mapq >= ___
# Examine mapping quality distribution for high and low quality alignments
___(mcols(reads)$mapq ~ high_mapq, xlab="good quality alignments", ylab="mapping quality")
# Remove low quality alignments
reads_good <- subset(reads, ___)