1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Filtrování čtení

V tomto cvičení data dále vyčistíme – odstraníme čtení s nízkou kvalitou zarovnání. Aby to bylo možné, musíš nejprve načíst informace o kvalitě zarovnání z BAM souboru. Ty jsou uloženy v poli mapq.

Pokyny

100 XP
  • Načti reads spolu s informacemi o kvalitě zarovnání přiřazenými ke každému čtení.
  • Identifikuj všechna zarovnání s kvalitou alespoň 20.
  • Vytvoř krabicový graf (boxplot) porovnávající distribuci kvality zarovnání mezi skupinou s vysokou a nízkou kvalitou.
  • Odstraň všechna zarovnání s nízkou kvalitou.