Peaky vs. pozadí
Teď je čas porovnat rozložení pokrytí u peaků, blacklistovaných oblastí a pozadí. V tomto cvičení se podíváš na data z chromozomu 5.
Binované počty čtení pro peaky, blacklistované oblasti a pozadí jsou pro tento chromozom dostupné jako peak_bins, bl_bins a
bkg_bins. Sloupec score obsahuje počty čtení.
Načtení všech potřebných dat a R balíčků může chvíli trvat. Buď prosím trpělivý/á.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Připrav počty čtení pro vizualizaci tak, že je uspořádáš do datových rámců.
- Spoj všechny tři datové rámce pomocí
rbind(). - Vytvoř krabicový graf počtů čtení podle typu binu.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()