cvičení

Anotace peaků

V předchozích cvičeních jsi vytvořil/a tabulku sloučených peaků ze všech vzorků (dostupnou zde jako peaks_merged) a tabulku s anotacemi genů (dostupnou jako human_genes). Teď je čas propojit informace z obou tabulek pomocí funkce annoPeaks() z balíčku ChIPpeakAnno. Pro každý peak, který leží dostatečně blízko místu začátku genu (dle argumentu bindingRegion), funkce vrátí podrobné informace o daném genu ve formě datového rámce. Ten obsahuje sloupec insideFeature, který udává, kde se peak nachází relativně k genu.

Pokyny

100 XP

Anotuj peaky pomocí nejbližšího genu.
Zjisti počet peaků, které byly anotovány s geny.
Vytvoř souhrnnou tabulku ukazující, kde se peaky nacházely relativně k genům.

.css-6su6fj{-webkit-flex-shrink:0;-ms-flex-negative:0;flex-shrink:0;}cvičení

Pokyny

cvičení