Anotace peaků
V předchozích cvičeních jsi vytvořil/a tabulku sloučených peaků ze všech vzorků (dostupnou zde jako peaks_merged) a tabulku s anotacemi genů (dostupnou jako human_genes). Teď je čas propojit informace z obou tabulek pomocí funkce annoPeaks() z balíčku ChIPpeakAnno. Pro každý peak, který leží dostatečně blízko místu začátku genu (dle argumentu bindingRegion), funkce vrátí podrobné informace o daném genu ve formě datového rámce. Ten obsahuje sloupec insideFeature, který udává, kde se peak nachází relativně k genu.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Anotuj peaky pomocí nejbližšího genu.
- Zjisti počet peaků, které byly anotovány s geny.
- Vytvoř souhrnnou tabulku ukazující, kde se peaky nacházely relativně k genům.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)