Bližší pohled na dráhy
V tomto cvičení sestavíš URL adresu, která odkazuje na dráhu identifikovanou analýzou obohacení a zvýrazňuje geny s ChIP-seq píky. Díky tomu získáš přehled o tom, jak spolu geny – respektive proteiny, které kódují – interagují navzájem i s dalšími proteiny. S trochou zkušeností ti to může rychle napovědět, jaké mechanismy by mohly vysvětlovat rozdíly mezi skupinami ve studii.
Obecný formát těchto URL adres je: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Sestav URL adresu potřebnou k zobrazení nejlepší dráhy z analýzy obohacení, která zvýrazní geny spojené s píky. Objekty top_path a genes, které jsi vytvořil/a dříve, máš v pracovním prostoru k dispozici.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Přidej ID dráhy do URL.
- Spoj ID genů v dráze, které byly asociovány s píky, do jednoho řetězce odděleného
'+'. - Přidej řetězec s výběrem genů do URL.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")