1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Bližší pohled na dráhy

V tomto cvičení sestavíš URL adresu, která odkazuje na dráhu identifikovanou analýzou obohacení a zvýrazňuje geny s ChIP-seq píky. Díky tomu získáš přehled o tom, jak spolu geny – respektive proteiny, které kódují – interagují navzájem i s dalšími proteiny. S trochou zkušeností ti to může rychle napovědět, jaké mechanismy by mohly vysvětlovat rozdíly mezi skupinami ve studii.

Obecný formát těchto URL adres je: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>

Sestav URL adresu potřebnou k zobrazení nejlepší dráhy z analýzy obohacení, která zvýrazní geny spojené s píky. Objekty top_path a genes, které jsi vytvořil/a dříve, máš v pracovním prostoru k dispozici.

Pokyny

100 XP
  • Přidej ID dráhy do URL.
  • Spoj ID genů v dráze, které byly asociovány s píky, do jednoho řetězce odděleného '+'.
  • Přidej řetězec s výběrem genů do URL.