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火山图

接下来,您将创建一个火山图,用于可视化白血病研究中的差异表达程度:y 轴为差异表达的对数优势比,x 轴为对数倍数变化。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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练习说明

第 2 章白血病研究的已拟合模型对象 fit2 已加载到您的工作区中。已加载 limma 包。

  • 创建一个火山图,并高亮显示排名前 5 的基因。

  • 将数据框 fit2$genessymbol 列传给参数 names,用对应的基因符号标注这前 5 个基因。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)
编辑并运行代码