火山图
接下来,您将创建一个火山图,用于可视化白血病研究中的差异表达程度:y 轴为差异表达的对数优势比,x 轴为对数倍数变化。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
第 2 章白血病研究的已拟合模型对象 fit2 已加载到您的工作区中。已加载 limma 包。
创建一个火山图,并高亮显示排名前 5 的基因。
将数据框
fit2$genes中symbol列传给参数names,用对应的基因符号标注这前 5 个基因。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)