通路富集分析
为了更好地理解在阿霉素研究中差异表达基因的作用，您将基于 KEGG 数据库整理的已知生物学通路进行富集检验。 在对比 "dox_wt" 和 "interaction" 中，哪些 KEGG 通路在差异表达基因中显著过度代表？
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
已将拟合后的模型对象 fit2 载入到您的工作区中。limma 包也已载入。
从数据框
fit2$genes中提取 Entrez 基因 ID。使用
kegga对对比"dox_wt"进行 KEGG 通路富集检验。将物种设置为 Mus musculus 的"Mm"。使用
topKEGG查看最显著的前 5 个富集 KEGG 通路。对对比
"interaction"重复上述通路富集分析。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)