基于组均值检验差异表达
既然您已经指定了设计矩阵和对比矩阵，现在可以开始检验差异表达了。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
包含白血病数据的 ExpressionSet 对象 eset、设计矩阵（design）以及对比矩阵（cm）已加载到您的工作区。
使用
lmFit拟合模型系数。使用
contrasts.fit拟合对比。使用
eBayes计算 t 统计量。使用
decideTests汇总结果。与"处理-对比"参数化不同，在组均值模型中没有截距项，因此您无需像之前那样对fit2进行子集化。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)