对比矩阵
为了检验阿霉素(doxorubicin)对野生型小鼠和 Top2b 缺失小鼠心脏的影响(以及处理与基因型之间的任何交互作用),您需要对设计矩阵中的系数进行对比。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
包含阿霉素数据的 ExpressionSet 对象 eset 和设计矩阵 design 已加载到您的工作区。已加载 limma 包。
创建
dox_wt,用于检验阿霉素在野生型小鼠中的效应。创建
dox_top2b,用于检验阿霉素在 Top2b 缺失小鼠中的效应。创建一个交互项,用于检验两类小鼠对阿霉素反应是否存在差异(提示:对比
dox_top2b和dox_wt)。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
dox_top2b = ___ - ___,
interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm