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组均值的对比矩阵

由于您使用的是组均值参数化,limma 流程中现在多了一步。系数现在表示两个样本组各自的平均表达水平,因此,您需要指定一个自定义对比,来检验进行性白血病与稳定性白血病之间的差异。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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练习说明

含有白血病数据的 ExpressionSet 对象 eset 和您刚刚创建的设计矩阵(design)已加载到您的工作区中。

  • 使用 makeContrasts 定义对比 status,其含义为进行性与稳定性癌症在平均表达水平上的差值。

  • 将设计矩阵 design 传给参数 levels。这样就可以在对比的定义中使用 design 的列名(对应各个系数)。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm
编辑并运行代码