组均值的对比矩阵
由于您使用的是组均值参数化,limma 流程中现在多了一步。系数现在表示两个样本组各自的平均表达水平,因此,您需要指定一个自定义对比,来检验进行性白血病与稳定性白血病之间的差异。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
含有白血病数据的 ExpressionSet 对象 eset 和您刚刚创建的设计矩阵(design)已加载到您的工作区中。
使用
makeContrasts定义对比status,其含义为进行性与稳定性癌症在平均表达水平上的差值。将设计矩阵
design传给参数levels。这样就可以在对比的定义中使用design的列名(对应各个系数)。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
levels = ___)
# View the contrasts matrix
cm