针对 2x2 因子设计的差异表达检验
即使相比之前的示例有更多对比,使用 limma 进行差异表达检验的流程依然相同。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
包含 Populus 数据的 ExpressionSet 对象 eset、设计矩阵(design)以及对比矩阵(cm)已加载到您的工作区。
使用
lmFit拟合模型系数。使用
contrasts.fit拟合对比。使用
eBayes计算 t 统计量。使用
decideTests汇总结果。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)