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针对 2x2 因子设计的差异表达检验

即使相比之前的示例有更多对比,使用 limma 进行差异表达检验的流程依然相同。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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练习说明

包含 Populus 数据的 ExpressionSet 对象 eset、设计矩阵(design)以及对比矩阵(cm)已加载到您的工作区。

  • 使用 lmFit 拟合模型系数。

  • 使用 contrasts.fit 拟合对比。

  • 使用 eBayes 计算 t 统计量。

  • 使用 decideTests 汇总结果。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)
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