p 值直方图
一个很好的诊断图是 p 值的直方图。若低 p 值密度很高，说明有许多差异表达基因；而若直方图接近均匀分布，则说明很少。请为白血病研究绘制 p 值直方图。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
第 2 章白血病研究的拟合模型对象 fit2 已加载到您的工作区。已加载 limma 包。
使用
topTable获取每个基因的汇总统计量。若要获得所有基因的结果，将参数
number设为fit2的行数。若要禁用按显著性排序，将参数
sort.by设为"none"。使用
hist绘制 p 值直方图。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)
# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])