检验差异表达
现在您已经定义了设计矩阵和对比矩阵，接下来可以在两种小鼠中检验多柔比星处理所致的差异表达。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
包含多柔比星数据的 ExpressionSet 对象 eset、设计矩阵 design，以及对比矩阵 cm 已加载到您的工作区。limma 包也已加载。
使用
lmFit拟合模型系数。使用
contrasts.fit拟合对比。使用
eBayes计算 t 统计量。使用
decideTests和vennDiagram汇总结果。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)
# Create a Venn diagram
___(results)