2x2 因子设计的对比矩阵
在 2x2 因子设计中可以构建许多对比。您需要在每一种供水条件下比较树种差异，比较每个树种对干旱的响应差异，以及比较两种树之间对干旱响应的差异（传统上称为交互作用）。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
已在您的工作区中加载了包含 Populus 数据的 ExpressionSet 对象 eset，以及您刚刚创建的设计矩阵（design）。
创建
type_drought，用于在干旱条件下比较树种类型（NM6 对 DN34）的效应。创建
water_dn34，用于检验干旱在 DN34 树中的效应。创建一个交互项，用于检验两种树在对干旱响应上的差异（提示：对比
water_nm6与water_dn34）。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
type_drought = ___ - ___,
water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
water_dn34 = ___ - ___,
interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm