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3 组的对比矩阵

要找出 3 个氧水平中每一对之间的差异表达基因,您需要定义 3 个成对对比。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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练习说明

含低氧数据的 ExpressionSet 对象 eset 以及您刚刚创建的设计矩阵(design)已加载到您的工作区。

  • 使用 makeContrasts 定义这 3 个成对对比。请记住使用设计矩阵的列名,且不要加引号。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox05 = ___ - ___,
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm
编辑并运行代码