3 组的对比矩阵
要找出 3 个氧水平中每一对之间的差异表达基因,您需要定义 3 个成对对比。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
含低氧数据的 ExpressionSet 对象 eset 以及您刚刚创建的设计矩阵(design)已加载到您的工作区。
- 使用
makeContrasts定义这 3 个成对对比。请记住使用设计矩阵的列名,且不要加引号。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm