检验两个组之间的差异表达
现在您已经有了一个 ExpressionSet 对象和设计矩阵,可以使用 limma 拟合并检验您的模型。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
包含白血病数据的 ExpressionSet 对象 eset 和您刚创建的设计矩阵(design)已加载到您的工作区。
使用
lmFit拟合模型系数。使用
eBayes计算 t 统计量。使用
decideTests汇总结果。由于检验截距项没有意义,请在运行
decideTests时指定系数"Diseasestable"。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)