开始使用免费开始使用

检验两个组之间的差异表达

现在您已经有了一个 ExpressionSet 对象和设计矩阵,可以使用 limma 拟合并检验您的模型。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

查看课程

练习说明

包含白血病数据的 ExpressionSet 对象 eset 和您刚创建的设计矩阵(design)已加载到您的工作区。

  • 使用 lmFit 拟合模型系数。

  • 使用 eBayes 计算 t 统计量。

  • 使用 decideTests 汇总结果。

  • 由于检验截距项没有意义,请在运行 decideTests 时指定系数 "Diseasestable"

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)

# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)
编辑并运行代码