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标准化

原始的基因表达数据往往很杂乱,尤其是因为许多基因与您研究的系统并不相关。拿到新的数据集后,第一步是可视化数据,并执行必要的预处理步骤。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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练习说明

工作区中已加载包含白杨(Populus)数据的 原始 ExpressionSet 对象 eset_raw

  • 使用 plotDensities 可视化每个样本的基因表达分布。关闭图例。

  • 对测量值进行对数变换后重新可视化。

  • 使用 normalizeBetweenArrays 进行分位数标准化,然后再次可视化。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

library(limma)

# Create new ExpressionSet to store normalized data
eset_norm <- eset_raw

# View the distribution of the raw data
___(eset_norm, legend = ___)

# Log tranform
exprs(eset_norm) <- ___(exprs(eset_norm))
___(eset_norm, legend = ___)

# Quantile normalize
exprs(eset_norm) <- ___(exprs(eset_norm))
___(eset_norm, legend = ___)
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