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创建一个 ExpressionSet 对象

在一个实验中分别管理 3 个数据集既繁琐又容易出错,尤其是在需要执行筛选时。请将白血病实验中的 3 个数据集合并为一个统一对象,使用 Bioconductor 的 ExpressionSet 类。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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练习说明

表达矩阵(x)、特征数据(f)和表型数据(p)已加载到您的工作空间。

  • 使用函数 ExpressionSet 创建一个新的 ExpressionSet 对象。

  • 将表达矩阵传给 assayData 参数。

  • 将表型数据框传给 phenoData 参数。

  • 将特征数据框传给 featureData 参数。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)
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