创建一个 ExpressionSet 对象
在一个实验中分别管理 3 个数据集既繁琐又容易出错,尤其是在需要执行筛选时。请将白血病实验中的 3 个数据集合并为一个统一对象,使用 Bioconductor 的 ExpressionSet 类。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
表达矩阵(x)、特征数据(f)和表型数据(p)已加载到您的工作空间。
使用函数
ExpressionSet创建一个新的 ExpressionSet 对象。将表达矩阵传给
assayData参数。将表型数据框传给
phenoData参数。将特征数据框传给
featureData参数。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Load package
library(Biobase)
# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
featureData = AnnotatedDataFrame(___))
# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)