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使用 ExpressionSet 对象创建箱线图

既然您已将所有实验数据合并到一个 ExpressionSet 对象中,筛选特征和样本就更方便了。本练习中,您将再次创建一个箱线图来可视化单个基因,但这次还要对子集化参与绘图的样本。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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练习说明

工作区中已加载 ExpressionSet eset

  • eset 子集化为仅包含前 10 个样本(列)。

  • 使用访问函数 exprspDatafData,对 eset_sub 中第 1000 个基因(即行)创建箱线图。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]

# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)

# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
        main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])
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