使用 ExpressionSet 对象创建箱线图
既然您已将所有实验数据合并到一个 ExpressionSet 对象中,筛选特征和样本就更方便了。本练习中,您将再次创建一个箱线图来可视化单个基因,但这次还要对子集化参与绘图的样本。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
工作区中已加载 ExpressionSet eset。
将
eset子集化为仅包含前 10 个样本(列)。使用访问函数
exprs、pData和fData,对eset_sub中第 1000 个基因(即行)创建箱线图。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])