KEGG 通路
为了帮助解释差异表达结果，一个常用方法是对已知基因集进行富集检验。KEGG 数据库包含经过整理的、已知在同一生物学通路中相互作用的基因集。 在白血病研究中，哪些 KEGG 通路在差异表达基因中被过度代表（富集）？
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
第 2 章白血病研究的已拟合模型对象 fit2 已加载到您的工作区。limma 包也已加载。
从数据框
fit2$genes中提取 Entrez 基因 ID。使用
kegga对 KEGG 通路进行富集检验。将物种设置为"Hs"，表示 Homo sapiens（人类）。使用
topKEGG查看前 20 个富集的 KEGG 通路。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)