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筛选基因

现在数据已经过对数转换并进行分位数归一化,您需要去除与所研究系统无关、表达量较低的基因。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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练习说明

您的工作区中已加载包含 Populus 数据且已标准化的 ExpressionSet 对象 eset_norm

  • 使用 plotDensities 可视化每个样本的基因表达水平分布。关闭图例。

  • 使用 rowMeans 确定哪些基因的平均表达水平大于 5。将该逻辑向量命名为 keep

  • 使用逻辑向量 keep 对 ExpressionSet 对象的基因(即行)进行筛选,并再次可视化。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

library(limma)

# Create new ExpressionSet to store filtered data
eset <- eset_norm

# View the normalized gene expression levels
___(eset, legend = ___); abline(v = 5)

# Determine the genes with mean expression level greater than 5
keep <- ___(exprs(eset)) > ___
sum(keep)

# Filter the genes
eset <- eset[___]
___(eset, legend = ___)
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