检查变异来源
接下来,您需要使用主成分分析来检查数据中的变异来源。样本是否按基因型(WT 与 Top2b 缺失)和处理(PBS 与 Dox)聚类?
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
您的工作空间中已加载含 doxorubicin 数据的 ExpressionSet 对象 eset。已加载 limma 包。
使用
plotMDS绘制主成分图。按基因型为样本加标签。重新可视化主成分,并按处理方式为样本加标签。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")