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设计矩阵

这个 doxorubicin 实验是一个 2x2 析因设计,因此您需要创建一个组合变量,用于基于组均值的参数化。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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练习说明

包含 doxorubicin 数据的 ExpressionSet 对象 eset 已加载到您的工作区。

  • 将变量 genotype(WT 与 Top2b null)和 treatment(PBS 与 Dox)合并为一个因子变量。

  • 使用 model.matrix 创建一个不含截距的设计矩阵。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)

# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)
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