火山图
现在,您将使用火山图可视化每个对比中的差异表达程度。火山图在 y 轴显示差异表达的对数优势(log odds),在 x 轴显示对数倍数变化(log fold change)。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
已在您的工作区加载拟合后的模型对象 fit2。已加载 limma 包。
从数据框
fit2$genes中提取基因符号(symbol)。创建火山图,并为 3 个对比中的每一个分别高亮排名前 5 的基因。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)