Top2b 的箱线图
接下来做一次合理性检查:为 Top2b 的表达量绘制箱线图,以确认 null 小鼠的 Top2b 表达更低。
回忆一下,您在第 1 章练习 4 中也制作过类似的箱线图。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
含有 doxorubicin 数据的 ExpressionSet 对象 eset 已加载到您的工作区。
通过在特征数据列
"symbol"中搜索"Top2b",找到包含 Top2b 数据的行。使用公式语法创建箱线图。表达量应位于
~左侧,基因型变量位于右侧。将该特征数据框的行传给
main,用作图标题。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])