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Top2b 的箱线图

接下来做一次合理性检查:为 Top2b 的表达量绘制箱线图,以确认 null 小鼠的 Top2b 表达更低。

回忆一下,您在第 1 章练习 4 中也制作过类似的箱线图。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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练习说明

含有 doxorubicin 数据的 ExpressionSet 对象 eset 已加载到您的工作区。

  • 通过在特征数据列 "symbol" 中搜索 "Top2b",找到包含 Top2b 数据的行。

  • 使用公式语法创建箱线图。表达量应位于 ~ 左侧,基因型变量位于右侧。

  • 将该特征数据框的行传给 main,用作图标题。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")

# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
        main = ___(eset)[top2b, ])
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