为比较 2 个组别指定线性模型
为在白血病实验中识别差异表达基因,您需要将以下线性模型转换为 R 表达式:
其中,\(X_{1}\) 对于进展型癌症取值为 1,对于稳定型癌症取值为 0(注意:R 会按字母顺序自动选择基线条件)。
本练习是课程的一部分
在 R 中使用 limma 进行差异表达分析
练习说明
包含白血病数据的 ExpressionSet 对象 eset 已加载到您的工作区。
- 使用
model.matrix构建设计矩阵,包含截距项系数,以及指示疾病状态的系数。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)