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分组均值模型的设计矩阵

在上一章中,您使用传统的处理对比参数化方法,对白血病数据进行了差异表达检验。作为学习更灵活的分组均值参数化的第一步,您将重新检验该白血病数据,以确认能够得到相同的结果。

本练习是课程的一部分

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

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练习说明

包含白血病数据的 ExpressionSet 对象 eset 已加载到您的工作空间。

  • 使用 model.matrix 创建一个没有截距的设计矩阵。请回忆,本研究关注的变量(进展型与稳定型癌症)位于表型数据框的 Disease 列中。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)
编辑并运行代码