Визначення піків

Зчитування розподілені по всьому геному, але ділянки, до яких зв'язується потрібний білок, приваблюють багато перекривних зчитувань, утворюючи «піки» покриття. Зазвичай ці піки фіксують разом із їхніми геномними координатами, а також зі значенням, що відображає силу сигналу для цього піка.

Набір визначених піків уже завантажено в R. Піки збережено в об'єкті GenomicRanges під назвою peaks. Окрім стандартних функцій для доступу до вмісту об'єктів GenomicRanges, для піків доступні дві зручні функції. Використайте функцію chrom, щоб отримати хромосому, на якій розташований пік, і функцію score, щоб отримати його оцінку (score).

Ця вправа є частиною курсу

ChIP-seq з Bioconductor у R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Виведіть зведену інформацію про peaks.
Використайте функцію score() і знайдіть індекс піка з найвищою оцінкою.
Видобудьте геномні координати піка з найвищою оцінкою за допомогою функцій chrom() і ranges().

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)

# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))

# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___

Редагувати та запускати код