Які піки відрізняються?
Подивімося, наскільки зразки різняться за викликами піків. Розглядаючи об'єднані піки, з якими ви вже працювали, скільки піків спільні між різними зразками?
На це запитання відповідає діаграма Венна. Її можна побудувати безпосередньо з об'єкта DBA за допомогою функції dba.plotVenn(). Альтернатива — графік UpSet, який можна створити пакетом UpSetR. У ньому еліпси діаграми Венна замінено на кілька стовпчикових діаграм, що показують розмір різних підмножин. Функція upset() потребує датафрейм із одним стовпцем для кожної множини, тобто зразка, де для кожного піка вказано належність до множини. Потрібні дані містяться в полі called об'єкта ar_diff.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create Venn diagram
___(ar_diff, mask=1:4)