Повертаємося до PCA та теплової карти
Тепер, коли ви визначили основні відмінності між вибірками, можна побудувати ще один набір графіків для їх порівняння. Вони дуже схожі на ті, що ви вже переглядали, але цього разу ви використовуєте лише піки з диференційним зв'язуванням. Це зменшує рівень шуму на графіку й допомагає підкреслити відмінності. Функції побудови графіків пакета DiffBind мають аргумент contrast, який дає змогу вказати, яке порівняння використати для відбору піків для візуалізації. У цій вправі ви порівняєте початкові графіки з їхніми «очищеними» аналогами.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)