Підсумування відмінностей у зв'язуванні білків
Фінальний графік диференційно зв'язаних піків, який ви розглянете в цьому уроці, — це коробчаста діаграма (box plot). Такий тип графіка зручний для узагальнення розподілу інтенсивностей піків у кожній вибірці. Для цього в DiffBind є функція dba.plotBox(). Коробчасті діаграми показують розташування медіани в різних групах, а також розкид даних навколо неї. Графік, який створює DiffBind, порівнює дві групи (первинна та резистентна до лікування пухлина), а також підгрупи, що складаються з диференційно зв'язаних піків. На додачу до самого графіка dba.plotBox() також повертає p-значення для попарних порівнянь між цими групами.
Як і раніше, результати аналізу диференційного зв'язування доступні як ar_diff.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Створіть коробчасту діаграму інтенсивностей піків.
- Перегляньте повернуті p-значення. Які набори піків істотно відрізняються між собою?
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)