Піки проти фону
Тепер час порівняти розподіл покриття для піків, регіонів зі списку заборон (blacklist), і фону. У цій вправі ви розглядатимете дані з 5-ї хромосоми.
Розбиті на біни кількості рідів для піків, заборонених регіонів і фону для цієї хромосоми доступні як peak_bins, bl_bins і bkg_bins відповідно. Стовпчик score містить кількості рідів.
Завантаження всіх потрібних даних і пакетів R для цієї вправи може зайняти трохи часу. Будь ласка, зачекайте.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Підготуйте кількості рідів для побудови графіка, упорядкувавши їх у датафрейми.
- Обʼєднайте три датафрейми за допомогою
rbind(). - Створіть діаграму boxplot для кількостей рідів за типом біну.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()