MA-графік
MA-графік відображає відмінності між двома групами відносно середньої інтенсивності сигналу. Це корисно для оцінки можливих зсувів у даних. Зазвичай очікується, що більшість інтенсивностей піків не змінюються між умовами. Тобто точки на графіку мають групуватися навколо горизонтальної лінії на рівні 0, що відповідає відсутності змін. MA-графіки також дають змогу швидко візуально оцінити, наскільки великі відмінності між групами.
Як і функції побудови графіків, які ви використовували раніше, DiffBind надає функцію dba.plotMA() для створення MA-графіків, яка може отримати всю необхідну інформацію з об'єкта DBA.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Використайте функцію
dba.plotMA()для створення MA-графіка. - Перегляньте графік. Зверніть увагу, як підсвічено значущі відмінності.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create an MA plot
___(ar_diff)