Розуміння впливу на шляхи
Шляхи — це ще один зручний спосіб групувати гени. У цій вправі ви розглянете результати аналізу збагачення шляхів для піків, що виразніші у зразках первинної пухлини. Об'єкт enrich_primary містить ці результати. Це список із чотирма елементами. Наразі вас найбільше цікавить results — датафрейм із результатами збагачення, впорядкований за значущістю. Він містить ідентифікатор і назву наборів генів, а також гени, пов'язані з піками, що входять до набору. Тут гени подані як ідентифікатори Entrez. Ви можете скористатися базою даних із пакета org.Hs.eg.db, щоб перетворювати між ідентифікаторами Entrez та символами генів. Функція select() надає зручний інтерфейс для вибірки записів зі стовпця SYMBOL з використанням типу ключа ENTREZID.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Перегляньте топові набори генів.
- Видобудьте ідентифікатори генів для набору з найвищим рейтингом.
- Розбийте ідентифікатори генів на вектор.
- Перетворіть ідентифікатори генів на символи генів.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Examine the top gene sets
head(___$results)
# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]
# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]
# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")
# Print the result
___(gene_symbol)