Придивімося уважніше до шляхів
У цій вправі ви побудуєте URL, який веде до шляху, знайденого за результатами аналізу збагачення, і підсвічує гени з піками ChIP-seq. Це дає змогу побачити загальну картину того, як гени — точніше, білки, які вони кодують — взаємодіють між собою та з іншими білками. З певним досвідом це швидко підказує можливі механізми, що можуть пояснити відмінності між групами у дослідженні.
Загальний формат таких URL: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Ви складете URL, потрібний, щоб показати топовий шлях з аналізу збагачення, підсвітивши гени, пов'язані з піками. Об'єкти top_path і genes, які ви створили раніше, доступні у робочому середовищі.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Додайте ID шляху до URL.
- Злийте ID генів у шляху, які були пов'язані з піками, в один рядок, розділений символом
'+'. - Додайте рядок із вибраними генами до URL.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")