Обчислення покриття
Тепер час розширити зчитування до середньої довжини фрагмента, щоб отримати точнішу оцінку покриття. Розширення зчитувань дає змогу об'єднати зчитування з обох кінців фрагмента в одну вершину покриття, що допомагає відрізнити піки від фонових шумів.
Файл BAM для зразка GSM1598218, який ви використаєте в цій вправі, уже завантажено. Середня довжина фрагмента для цього зразка становить 183 п. н. Зчитування доступні як об'єкт GRanges під назвою reads_gr.
Завантаження всіх потрібних даних і пакетів R для цієї вправи може зайняти трохи часу. Будь ласка, зачекайте.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Розширте зчитування до середньої довжини фрагмента.
- Обчисліть покриття фрагментів.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)