Читання файлів BAM

Почнімо з того, що ви зчитуєте зіставлені ріди з файла BAM у R. Такі файли зберігають відомості про вирівнювання між зчитаними послідовностями та референсним геномом у стиснутому двійковому форматі. Завантаження даних із файлів BAM — це звична операція під час аналізу геномних даних.

У цій вправі ви спершу завантажите всі ріди з файла BAM. Це просто, але може вимагати багато пам'яті, тож у другій частині ви навчитеся завантажувати лише ріди з потрібної ділянки геному.

Ця вправа є частиною курсу

ChIP-seq з Bioconductor у R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Завантажте ріди з файла chr20_bam за допомогою функції readGAlignments().
Створіть об'єкт BamViews для chr20_bam, що охоплює ділянку 29805000–29820000 на 20-й хромосомі.
Знову використайте readGAlignments(), щоб завантажити лише ріди в межах цього представлення (view).
Перегляньте об'єкт reads_sub за допомогою str().

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

Редагувати та запускати код