Використання анотацій
У цій вправі ви використаєте координати генів із пакета TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Цей пакет надає координати всіх відомих генів людини. Для вас завантажено об'єкт GRanges з координатами та унікальним ідентифікатором для генів на 20-й хромосомі під назвою human_genes.
Хоча ці ідентифікатори корисні для розпізнавання генів, їх складно інтерпретувати. Корисно додати більш зрозумілі людині символи генів. Це можна зробити за допомогою пакета org.Hs.eg.db, який надає відповідності між різними наборами ідентифікаторів генів. Функція select() дає змогу отримати символ гена, що зберігається у стовпці SYMBOL, для кожного ідентифікатора. Після вилучення цієї інформації ви можете додати її до таблиці розташування генів.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Отримайте символи генів зі стовпця
SYMBOLпакета org.Hs.eg.db. - Перегляньте структуру повернених анотацій.
- Додайте символи генів до
human_genes. - Перегляньте результат.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")
# Examine the structure of the returned annotations
str(___)
# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___
# Examine output
print(human_genes)