Підгонка моделі
Тепер ви готові виконати аналіз диференційного зв'язування. Він покаже, які піки суттєво відрізняються за інтенсивністю між двома типами пухлин. Знання того, які піки відрізняються між групами, стане основою подальшого аналізу, спрямованого на виявлення механізмів, що лежать в основі цих відмінностей. А поки що розгляньмо пошук піків з диференційним зв'язуванням. Функція dba.analyze() з пакета DiffBind дає змогу це зробити. У попередній вправі ви визначили контраст для порівняння між типами пухлин. Використавши об'єкт із цим контрастом, ви можете просто викликати dba.analyze(), щоб виконати решту роботи.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Перегляньте об'єкт
ar_binding, щоб підтвердити, що він містить потрібний контраст. - Запустіть аналіз диференційного зв'язування.
- Перегляньте результат.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)