Діаграма вулкан
Діаграми «вулкан» відображають зв'язок між різницею між групами (у логарифмічній зміні кратності, log fold change) та p-значеннями тесту, що порівнює інтенсивності піків. Це дає візуальний огляд статистично значущих результатів і розмірів ефекту. DiffBind надає функцію dba.plotVolcano() для побудови таких діаграм.
Об'єкт ar_diff містить результати аналізу диференційного зв'язування.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Створіть діаграму «вулкан».
- Розгляньте діаграму. Де розташовані значущі результати?
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create a volcano plot
___(ar_diff)