Об'єднання піків
Перш ніж вивчати, як анотувати виклики піків, корисно побачити, як отримати об'єднаний набір піків, що включає виклики з усіх зразків. Пакет ChIPpeakAnno надає для цього функцію findOverlapsOfPeaks(). Вона дає змогу об'єднувати набори піків, подані як GenomicRanges, з до п'яти зразків.
Перш ніж використовувати цю функцію, потрібно витягти інформацію про виклики піків з об'єкта ChIPQCexperiment, який ви створили раніше. Розташування піків можна отримати за допомогою функції peaks(). Зверніть увагу: вона поверне виклики піків для усіх зразків, зокрема тих, що не пройшли QC. Вектор з індексами зразків, які ми відібрали для подальшого аналізу на етапі QC, доступний як qc_pass.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Витягніть піки з об'єкта ChIPQCexperiment.
- Відкиньте всі зразки, які не пройшли QC.
- Знайдіть перетини між наборами піків за допомогою функції
findOverlapsOfPeaks(). - Перегляньте об'єднаний набір піків, доступний у полі
mergedPeaks.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)