Вилучення ділянок із чорного списку
Виявлення та вилучення піків у ділянках із чорного списку — важливий етап підготовки даних до подальшого аналізу. У цій вправі ми використовуємо чорний список із пакета ChIPQC. Його також можна завантажити безпосередньо з ENCODE.
Для цієї вправи виклики піків зберігаються в peaks, дані покриття — в cover, а ділянки чорного списку — в blacklist.hg19. Тут стане у пригоді функція findOverlaps(). Ви вже зустрічалися з поняттям перекриття ділянок в вступному курсі з Bioconductor, і ми повернемося до нього пізніше в цьому розділі.
Завантаження всіх потрібних даних і пакетів R може тривати певний час. Будь ласка, зачекайте.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Знайдіть усі перекриття між піками та ділянками з чорного списку.
- Побудуйте покриття ридами, виклики піків і ділянки чорного списку за допомогою Gviz.
- Вилучіть усі піки з чорного списку.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Find all overlaps between peaks and blacklisted regions
blacklisted <- ___(peaks, blacklist.hg19, type="within")
# Create a plot to display read coverage together with peak calls and blacklisted regions in the selected region
cover_track <- ___(cover, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Calculate peak_track and region_track, plot plotTracks
peak_track <- ___(peaks, name="Peaks", fill="orange")
region_track <- ___(region, name="Blacklist")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, region_track, GenomeAxisTrack()),
chromosome="chr21", from=start(region)-1000, to=end(region)+1000)
# Remove all blacklisted peaks
clean_peaks <- ___[-from(blacklisted)]