Візуалізація відмінностей у зв'язуванні білків
І діаграма PCA, і дендрограма показують, що зразки з первинних пухлин і пухлин, стійких до лікування, утворюють окремі кластери. Це обнадійливо, але майже не пояснює, як саме виглядають ці відмінності. У цій вправі ви створите теплову карту, яка порівнює інтенсивність піків між зразками. Це може допомогти виявити шаблони у зв'язуванні білків, що відрізняють групи зразків.
Набір піків, узгоджений між зразками, доступний як peaks. Щоб побудувати для нього теплову карту, потрібно знати,
скільки піків міститься в наборі даних. Відомості про об'єднаний набір піків доступні в елементі merged об'єкта peaks.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Виведіть об'єкт
peaks. - Отримайте координати об'єднаних піків.
- Витягніть кількість піків, наявних у даних.
- Створіть теплову карту за допомогою функції
dba.plotHeatmap.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)