Деталізоване відображення ділянки
Тепер ваша черга побудувати графік геномної ділянки за допомогою Gviz. Усі дані у цій вправі взято з 20-ї хромосоми одного зразка. Ідеограму 20-ї хромосоми вже створено для вас і збережено як ideogram. Відображені риди вже перетворено на дані покриття. Ця інформація доступна як об'єкт GRanges під назвою cover_ranges. Пікові виклики в ділянці, яку ви будете будувати, збережено в об'єкті peak_calls.
Завантаження всіх необхідних даних і пакетів R для цієї вправи може зайняти певний час. Будь ласка, зачекайте.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Створіть анотаційні треки для пікових викликів.
- Створіть трек даних для покриття ридами.
- Відобразьте графік, показавши згори донизу: ідеограму, трек покриття, трек пікових викликів та вісь із геномним положенням.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)