Налаштування моделі
Перш ніж запускати безпосереднє порівняння між групами, потрібно вказати DiffBind, як зразки розподілено між ними. Найпростіше зробити це за допомогою однієї з попередньо визначених категорій, які DiffBind прив'язує до зразків. Сюди входять поширені групування, як-от умова або тип тканини, пов'язані з кожним зразком. Ви можете вказати, яку саме категорію використати, через аргумент categories, застосовуючи сталі на кшталт DBA_CONDITION і DBA_TISSUE. На сторінці довідки для dba.contrast() наведено повний перелік доступних сталих.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Перегляньте об'єкт
ar_binding. - Визначте категорію, що відповідає умовам Primary Tumor (primary) та Treatment Resistant (TURP).
- Задайте контраст для порівняння цих двох типів пухлин.
- Перегляньте об'єкт
dba_peaks, щоб переконатися, що контраст додано.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)