Анотація піків
У попередніх вправах ви створили таблицю об'єднаних викликів піків з усіх зразків (тут доступна як peaks_merged) і таблицю з анотаціями генів (тут доступна як human_genes). Тепер час поєднати інформацію з обох таблиць за допомогою функції annoPeaks() з пакета ChIPpeakAnno. Для кожного піка, що достатньо близький до стартової ділянки гена (як визначено аргументом bindingRegion), ця функція повертає докладні відомості про відповідний ген у датафреймі. Серед іншого, це включає стовпчик insideFeature, який вказує, де саме пік розташований відносно гена.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Проанотуйте піки з найближчим геном.
- Визначте кількість піків, які було проанотовано генами.
- Створіть зведену таблицю, що показує, де піки були розташовані відносно генів.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)